L’USH FC a pour principales missions :

 la représentation des intérêts collectifs des organismes francs-comtois dans l’élaboration des politiques locales de l’habitat et d’aménagement, en locatif social comme en accession à la propriété

 la structuration et l’animation de l'inter-organisme territorial : développer la coopération entre organismes pour améliorer leur représentation et les accompagner dans la mise en œuvre des politiques locales d’habitat et d’aménagement

 l’animation professionnelle : informer et organiser les échanges entre organismes par métier et par enjeux, pour accompagner les mutations de leur environnement réglementaire, financier, social et technique

 la capitalisation des expériences et méthodes innovantes